Строительство школы на Скомороховой горе по проекту, разработанному в Чехии, было начато в 1990 году по инициативе бывшего генерального директора моторостроительного завода Валерия Аникина. Он в сложный период перестройки и развала экономики социалистического государства, в отличие от многих хозяйственных руководителей, не считал социальную сферу обузой. Со временем ситуация изменилась, и школа имела все шансы остаться недостроенной. Но благодаря достигнутому соглашению между администрацией области, муниципального округа и руководством моторостроительного завода, дело не застопорилось в трудный момент. Губернатор Анатолий Лисицын, глава округа Борис Степанов и генеральный директор АО «Рыбинские моторы» Юрий Ласточкин в 2000 году заключили союз, основанный на взаимных интересах и выгодах. Партнеры определились с финансированием из областного и муниципального бюджетов, о доле моторостроителей. Первоначально строительство школы предполагалось полностью, но позднее было распределено на 3 этапа:
1-ый этап – строительство «Восточного» корпуса (завершен в 2003 году)
2-ой этап – строительство «Западного» корпуса (завершен в 2012 году)
3-ий этап – окончание строительства всего комплекса и благоустройство территории школы (завершен в 2013 году)
В основе здания школы монолитный железобетонный каркас. Стены выполнены по технологии «сендвич» - бетонная основа сверху покрыта кирпичной кладкой.
При строительстве использовались новые строительные материалы: стекловолокнит, стеклопакеты, с тройным остеклением. Полы в рекреациях покрыты экологически чистым немецким заливным материалом. В пищеблоке установлено самое современное торгово-технологическое оборудование. Мебель в учебных классах изготовлена по немецкой технологии. Компьютерные классы оснащены самыми современными компьютерами, безопасными для здоровья.
В начале ноября 2000 года был назначен директор школы – Портретов Владимир Иванович, который занимался вопросами строительства и комплектования, т.к. педагогов и учащихся еще не было.
1 сентября 2001 года школа была открыта на базе школы № 5, с классами, набранными для обучения в ней. Всего тогда набрали 15 классов (375 учащихся), самыми старшими были восьмиклассники. Школа начала свою работу.
20 января 2003 года первая очередь школы введена в строй.
Торжественное открытие школы началось с освещения храма знаний, которое совершил настоятель Вознесенского – Георгиевской церкви отец Павел и традиционного разрезания красной ленточки. Право разрезать ленточку вместе с губернатором выпало первокласснице Корчагиной Маше.
Затем гости праздника «Школа нашей мечты» посмотрели в красивом и большом универсальном зале школы концерт, в котором принимали участие: концертный хор «Соколята», шоу-группа «Алиса», студия бального танца Д/К «Авиатор» и, конечно, учащиеся школы № 12.
